Halil İnalcık, aslen Kırım Tatarıdır. Balıkesir Muallim Mektebi'ni tamamladı. 1936 yılında Ankara Üniversitesi Dil, Tarih ve Coğrafya Fakültesi Yeni Çağ Tarihi bölümünde yüksek öğrenimine başladı. 1942 yılında Tanzimat ve Bulgar Meselesi adlı doktora tezini verdi. Uzun yıllar aynı fakültede Osmanlı ve Avrupa tarihi üzerine dersler verdikten sonra 1972 yılında Chicago Üniversitesi Tarih Bölümü'ne "Osmanlı Tarihi Üniversite Profesörü" olarak davet edildi.

1973 yılında kitabı The Ottoman Empire The Classical Age 1300-1600 yayımlandı. Yurt içi ve dışında çeşitli üniversitelerden fahri doktora payeleri aldı. 1993 yılında Bilkent Üniversitesi'ne davet edildi ve burada Tarih bölümünü kurdu.

Bilkent Üniversitesi Osmanlı Tarihi Bölümü'nde yüksek lisans ve doktora öğrencilerine seminer dersi verdi. Dünyanın çeşitli üniversitelerinden çok sayıda fahri doktora tevcih edilen İnalcık, 20. yüzyıl sona ererken Cambridge Uluslararası Biyografi Merkezi tarafından dünyada sosyal bilimler alanında sayılı 2000 bilim adamı arasında gösterilmiştir.