Gebze’nin kentleşmesine büyük katkısı olan en önemli Vakıf Çoban Mustafa paşa vakfıdır. Bu vakfın vakfiyesindeki bilgiler vakıf medeniyetinin önemini gösteriyor. Vakfiyede yer alan bilgilerden bazıları “1523 yılında Gazi Mustafa Paşa’nın kurduğu imaret vakfı bir cami, 16 hücreli bir medrese 13 hücreli bir hangah, 12 adet sofra hücresi olan 7 tabhane, 1,kervansaray, 2, ahır, 1 kiler, 1 mutfak, 1 yemek salonu, 1, fırın, 1 odun ambarı, 1 türbe ve 2 oda kütüphaneden müteşekkil önemli bir vakıf eserdir”. İlk kuruluş döneminde Mustafa Paşa bu Külliyenin kütüphanesine 46 cilt tefsir 30 cilt hadis şedhleri, 25 cilt usul ve furu'metin ve şerhleri 17 cilt fetva, 47 cilt kelam ve saire olmak üzere 165 kitap vakfetmiştir. Ancak vakfın bütün mal varlığı bu kadar değildir. Vâkıfın gerek burada gerek diğer bölgelerinde kendisine gelir alanı olan çok sayıda müştemilatı vardır. İlk dönemlerde Gebze'nin önemli kısmı bu vakfın arazidir. Gazi Mustafa Paşa, kurduğu vakfa gelir olsun diye birçok dükkân ve diğer akarı vakfetmiştir. Bunlar Gebze’de bulunan 98 adet dükkân, Bozahane, başhane ve bir aşçı dükkânı, Eskihisar köyünde beş fırın, Bulgaristan Filibe'de değirmenler, Edirne’de bir handır. Gebze belediyesi Mustafa Paşa Külliyesi’nin vakfiyesini kitap haline getirerek kalıcı bir kültür hizmeti yapmıştır.