Enstitü, Gıda Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı, Tarımsal Araştırmalar ve Politikalar Genel Müdürlüğü sorumluluğunda projeler yürütmektedir. Diğer tarımsal konularda da Bitkisel Üretim Genel Müdürlüğü, Gıda ve Kontrol Genel Müdürlüğü, Tarım Reformu Genel Müdürlüğü, Avrupa Birliği ve Dış İlişkiler Genel Müdürlüğü ve Personel Genel Müdürlüğü'ne bağlı olarak hizmet vermektedir.